老年患者喉癌预后相关基因探索及预测模型建立

Exploration of prognostic genes related to laryngocarcinoma in elderly patients and establishment of a predictive model

中文关键词: 老年  喉癌  预后  模型

中文摘要:

      目的 筛选老年喉癌患者喉癌差异表达mRNA以及预后相关mRNA,并构建预后的风险评估模型,为临床决策提供依据.方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)公共数据库和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)下载喉癌RNA-Seq和临床信息数据集.通过R软件和相关R包进行统计分析,筛选差异表达的mRNA.提取生存状态和生存时间等相关临床数据,分析mRNA表达量与预后的关系.通过多因素COX分析构建预后评估模型,并通过受试者工作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC)对模型效能进行评估.结果 本研究筛选出在喉癌患者肿瘤组织与正常喉组织中差异表达的1796个mRNA(|log2FC| ＞2,FDR＜ 0.05),其中在喉癌组织中表达上调的mRNAs有835个,表达下调的有961个.其中有16个mRNA与患者预后相关.其中13个mRNA为影响预后的危险因素,表达量越高,患者预后越差(Hazard ratio＞1,P＜0.001);3个mRNA为影响预后的保护因素,表达量越高,预后越好(Hazard ratio＜1,P＜0.001).预后评估模型计算公式为:危险评分=CCR8×0.129+ CDC20×0.086+TFPI-2×0.096.以中位值为界限区分高和低风险患者.低风险患者预后显著优于高风险患者(P＜0.001).预后风险评估模型ROC曲线下面积为0.797,大于0.6,表明预后风险评估模型效能较好.结论 CDC20、CCR8、TFPI-2在喉癌组织中高表达,与预后不良相关.本研究构建的预后风险评估模型:危险评分=CCR8×0.129+ CDC20×0.086+TFPI-2×0.096,效能较好,可准确预测喉癌患者预后情况.

英文摘要: